PI染料本身不发光，但当它插入到双链DNA中时，会阻止DNA的荧光发射，而PI的碘离子则会吸收激发光并发出荧光。PI的荧光发射峰大约在617-627纳米，这对应于红色或远红色荧光通道。在流式细胞仪中，这个通道通常被称为“PE-Texas Red”或“Alexa Fluor 647”通道。
值得注意的是，PI只能穿透受损的细胞膜，因此在活细胞中无法染色，而在死细胞中可以进入并染色。因此，PI常与其它染料如SYTOX Green或 Annexin V 结合使用，以区分早期凋亡、晚期凋亡和死细胞。
在实验设计中，选择合适的荧光通道是非常重要的，需要考虑到染料的发射波长、仪器的滤光片设置以及可能存在的荧光串扰。对于PI，应确保你的设备在红色或远红色区域有适当的检测能力，并且在实验中没有使用可能在这个波长区间产生信号冲突的其他染料。
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