从化学结构来看，PFA是由四氟乙烯(TFE)、全氟烷基乙烯基醚(PFVE)共聚而成，而PTFE则是由单一四氟乙烯单体聚合得到。这种结构上不同导致了它们一些关键性能区别。PFA具有更好熔融流动性，这意味着它可以于更高温度下进行热成型加工，适合于复杂形状零件生产；相比之下，PTFE因为其分子链高度规整且无支链，结晶度高，虽然含优秀耐化学性、低摩擦系数，但于高温下可加工性较差。
于物理机械性能方面，PFA显现出更接近于传统工程塑料如尼龙或聚碳酸酯优点，比如较高拉伸强度、冲击韧性，这使得它能够胜任更加苛刻工作环境。和此同时，PFA还拥有优良抗蠕变能力还有较低介电损耗因子，适用于高频信号传输场合。而PTFE则以超强耐温范围(269°C至+260°C)闻名，并且几乎不吸水、不粘附任何物质，因此常用于制作不粘锅涂层或者作为密封件材料。
另外，成本也是两者比较很大因素。通常状况下，PFA价格略高于PTFE，但低于某些其他特种工程塑料。对于要兼顾性价比和优良综合性能用途场景来说，PFA是一个不错选择；而对于那些对成本敏感但又要求极高稳固性项目，则也许优先考虑使用PTFE。
上述概括起来尽管PFA、PTFE都拥有突出耐腐蚀性、热稳固性，但因为各自特殊属性决定了它们各自最佳适用范围。正确选择合适材料不仅能够满足特定需求，还能很好提升整体系统可靠性、使用寿命。
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