从化学结构上看，PEKK主链中含有两个酮基〔C=O〕，而PEEK只有一个酮基。这种差异使得PEKK具有更高结晶度、熔点。具体来说，PEKK熔点通常于365℃左右，比PEEK高出约1520℃。另外，因为额外酮基增强了分子间作用力，PEKK显现出更优秀机械强度、耐热性能，于高温高压环境下表现尤为突出。
于力学性能方面，虽然两者都含高强度、高模量特点，但PEKK往往表现出更好韧性，特别是于低温条件下冲击强度更高。这意味着PEKK更适合要承受较大动态载荷或复杂应力工况用途场景。和此同时，PEKK对某些化学物质如强酸、强碱还有有机溶剂具有更强抵抗能力。
于实际用途中，这两种材料各有侧重。PEEK因其优良生物相容性、较低成本被大量用途于医疗植入物、航空航天零部件行业；而PEKK则凭借其超强耐温性、耐磨性，于极端环境下生产中占据很大位，例如核电设备部件、石油钻探工具。因此，选择使用PEKK还是PEEK，取决于具体用途场景对材料性能需求。
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